В Эстонии система высшего образования состоит из двух ветвей: обучение проводится в академической и профессиональной сфере. С 2002/03 учебного года общая структура академического обучения состоит из трех уровней или циклов. Первый уровень - это бакалавриат, второй - магистратура. Третий и самый высокий уровень - докторантура.

Профессиональное высшее образование, как и бакалавриат, является первым уровнем высшего образования, который обеспечивает доступ к обучению в магистратуре. Окончание соответствующего обучения на каждом уровне высшего образования считается окончанием учебного заведения.

Учебный год делится на два семестра - осенний и весенний. Учебный год начинается в сентябре и заканчивается в июне. Как осенний, так и весенний семестр обычно длится пять месяцев, объем которых в кредитных пунктах составляет половину учебной нагрузки учебного года. Осенний семестр обычно длится, по решению учебного заведения, с сентября по декабрь; и экзаменационная сессия в январе. Весенний семестр длится с конца января или начала февраля до конца мая, но экзамены часто проходят до конца июня. Студенты должны иметь отпуск не менее восьми недель в году.

Учебная нагрузка, определенная в учебной программе, должна быть выражена в зачетных единицах Европейской системы перевода зачетных единиц (ECTS). Один зачетный пункт соответствует 26 часам работы, которые студент использует для учебы. Учебная нагрузка на один учебный год составляет 60 кредитных баллов, что составляет 1560 часов работы, затраченных студентом на обучение.

Действуют два типа учреждений: университеты и институты. 

Университет - это научно-исследовательское, образовательное и культурное учреждение, в котором обучение осуществляется на трех уровнях высшего образования в соответствии с учебными планами профессионального высшего образования, бакалавриата, магистратуры и докторантуры по нескольким направлениям обучения.

Задача и миссия университета:

• продвигать науку и культуру;

• воспитывать из студентов ответственных и инициативных граждан;

• сотрудничать с другими университетами и со всем обществом, поддерживая развитие общества и сохранение национальной культуры посредством эффективных исследований, разработок и творческой работы;

• создавать и развивать возможности, основанные на интегрированном образовании и исследовательской деятельности, для международного сотрудничества, получения высшего образования на основе научного подхода, а также для непрерывного обучения;

• предоставлять услуги, основанные на образовании, исследованиях и другой творческой деятельности, необходимой обществу.

Институт - это учебное заведение, которое предоставляет профессиональное высшее образование и которое может предоставлять обучение в магистратуре и профессионально-техническую подготовку, и в котором не менее двух третей студентов обучаются по программам высшего профессионального образования. В исключительных случаях профессиональные училища могут также предлагать профессиональное высшее образование.

Задача высших профессиональных учебных заведений - подготовка мотивированных специалистов с отличными профессиональными навыками и трудовым настроем на первом уровне высшего образования с учетом потребностей рынка труда. Обучение характеризуется гибкостью и практической направленностью учебных программ, а также тесным сотрудничеством с предприятиями, профессиональными союзами и другими социальными партнерами.

Функциями высшего института являются:

• способствовать непрерывному обучению в соответствии с потребностями рынка труда,

• предлагать услуги, включающие учебу и исследовательскую деятельность,

• проводить прикладные исследования;

• воспитывать из студентов ответственных и инициативных граждан;

• сотрудничать с различными учреждениями и активно общаться с общественностью, поддерживая развитие общества посредством эффективного развития, инновационной деятельности и прикладных исследований.