В Естонії система вищої освіти складається з двох гілок: навчання проводиться в академічній і професійній сфері. З 2002/03 навчального року загальна структура академічного навчання складається з трьох рівнів або циклів. Перший рівень - це бакалаврат, другий - магістратура. Третій і найвищий рівень - докторантура.
Професійне вищу освіту, як і бакалаврат, є першим рівнем вищої освіти, який забезпечує доступ до навчання в магістратурі. Закінчення відповідного навчання на кожному рівні вищої освіти вважається закінченням навчального закладу.

Навчальний рік ділиться на два семестри - осінній і весняний. Навчальний рік починається у вересні і закінчується в червні. Як осінній, так і весняний семестр зазвичай триває п'ять місяців, обсяг яких в кредитних пунктах становить половину навчального навантаження навчального року. Осінній семестр зазвичай триває, за рішенням навчального закладу, з вересня по грудень; і екзаменаційна сесія в січні. Весняний семестр триває з кінця січня або початку лютого до кінця травня, але іспити часто проходять до кінця червня. Студенти повинні мати відпустку не менше восьми тижнів на рік.
Навчальне навантаження, певна в навчальній програмі, повинна бути виражена в залікових одиницях Європейської системи перекладу залікових одиниць (ECTS). Один заліковий пункт відповідає 26 годинам роботи, які студент використовує для навчання. Навчальне навантаження на один навчальний рік становить 60 кредитних балів, що становить 1560 годин роботи, витрачених студентом на навчання.

Діють два типи установ: університети та інститути.

Університет - це науково-дослідна, освітня і культурна установа, в якому навчання здійснюється на трьох рівнях вищої освіти відповідно до навчальних планів професійної вищої освіти, бакалаврату, магістратури та докторантури за кількома напрямками навчання.

Завдання і місія університету:

• просувати науку і культуру;

• виховувати зі студентів відповідальних та ініціативних громадян;

• співпрацювати з іншими університетами та з усім суспільством, підтримуючи розвиток суспільства і збереження національної культури за

• допомогою ефективних досліджень, розробок і творчої роботи;

• створювати і розвивати можливості, засновані на інтегрованому освіту і дослідницької діяльності, для міжнародного співробітництва, отримання

• вищої освіти на основі наукового підходу, а також для безперервного навчання;

• надавати послуги, засновані на освіті, дослідженнях та іншої творчої діяльності, необхідної суспільству.

Інститут - це навчальний заклад, який надає фахову вищу освіту і яке може надавати навчання в магістратурі та професійно-технічну підготовку, і в якому не менше двох третин студентів навчаються за програмами вищої професійної освіти. У виняткових випадках професійні училища можуть також пропонувати фахову вищу освіту.
Завдання вищих професійних навчальних закладів - підготовка мотивованих фахівців з відмінними професійними навичками і трудовим настроєм на першому рівні вищої освіти з урахуванням потреб ринку праці. Навчання характеризується гнучкістю і практичною спрямованістю навчальних програм, а також тісною співпрацею з підприємствами, професійними спілками та іншими соціальними партнерами.

Функціями вищого інституту є:

• сприяти безперервному навчанню відповідно до потреб ринку праці,

• пропонувати послуги, які включають навчання і дослідницьку діяльність,

• проводити прикладні дослідження;

• виховувати зі студентів відповідальних та ініціативних громадян;

• співпрацювати з різними установами і активно спілкуватися з громадськістю, підтримуючи розвиток суспільства за допомогою ефективного розвитку, інноваційної діяльності та прикладних досліджень.